Về phương hướng hoạt động trong nhiệm kỳ VI (2021 – 2026), Đại hội thống nhất các nhiệm vụ lớn:

-  Đẩy mạnh công tác nghiên cứu khoa học để nâng cao chất lượng của công tác tư vấn, nhất là kết hợp các nghiên cứu khoa học cơ bản và khoa học ứng dụng. Có nhiều công trình khoa học được công bố trong và ngoài nước, sách được xuất bản.

- Đẩy mạnh các hoạt động tư vấn giám định và phản biện xã hội, đáp ứng yêu cầu của lãnh đạo các ngành và các địa phương, tạo nên nhu cầu, giao nhiệm vụ "đặt hàng" để tăng thêm tính khả thi của các đóng góp tương xứng điều kiện tài chính cho hoạt động. Đặc biệt tham gia vào quá trình triển khai Chiến lược và kế hoạch 5 năm tới theo Nghị quyết Đại hội XIII của Đảng.

- Củng cố và phát triển có chất lượng các tổ chức thuộc Hội Khoa học Kinh tế Việt Nam.

- Tiếp tục đẩy mạnh các hoạt động hợp tác quốc tế trong khuôn khổ Hội Kinh tế Quốc tế (IEA), Liên hiệp Các hội Kinh tế ASEAN (FAEA) và các quan hệ song phương.

(Chương trình hoạt động của Hội trong Nhiệm kỳ 6)